myPresto Portal ver.1.1.89 リリース

機能追加

• myPresto の add_ion と setwater を最新版に更新した。
• 結果的に、[Solvent]機能で、イオン付加の方法を従来の5通りから9通りに増やし、ヒトの細胞イオン濃度や血液イオン濃度、バクテリアのイオン濃度などが簡単に生成可能になった。Na+,Cl-イオンの他にK+イオンが付加可能になった。
• 結果的に、[Preferences] – [6.Molecule] – [TplgeneX Water] で水溶媒で OPC3 力場を選択した時に、OPC3 専用の座標と電荷を使用するようにした。従来は、OPC3の座標はTIP3Pの座標を代用していた。
• [MD Analysis]画面にスクロールバーを実装して、縦方向に狭いディスプレイでも[MD Analysis]画面の中身の表示が途切れないようにした。
• Windows版に内蔵しているGROMACS実行プログラムに、GROMACS-2021.5を加えた。デフォルト設定はGROMACS-2021.7だが動かないケースがあったので、GROMACS-2021.5をユーザ選択可能にした。

バグ修正

• tplgeneX プログラムで、Cl原子のPDB出力時に原子名カラムのずれを修正した。